What did you say? => Что вы сказали (я не понял / прослушал)?
(I'm sorry), I didn't understand you. / I don't understand you. => (Извините,) Я не понял вас. / Я не понимаю вас.
(I'm sorry), I didn't quite catch you / your name / your telephone number / ... => ((Извините,) Я не понял вас. / Я не понимаю Вас.) Я не совсем понял вас / не совсем разобрал ваше имя / ваш номер телефона
(I'm sorry,) I missed... => (Извините,) Я не расслышал / не разобрал (время / место / адрес / ...).
I don't get it / your meaning. => Я вас не понимаю.
I didn't get your name / telephone number / address / ... => Я не разобрал ваше имя / номер телефона / адрес / ...
I don't follow you. => Я не понимаю, о чем вы говорите. / Я не могу уследить за ходом ваших мыслей.
Pardon? / Excuse me? / Sorry? / I beg your pardon? => Извините?
Come again? (при близком знакомстве с собеседником) = What did you say?